El Juzgado Federal de Primera Instancia de Oberá es de Fuero Universal, por lo que su competencia comprende casi la totalidad de las materias -con excepción de la Electoral-: Civil, Comercial, Laboral, Contencioso Administrativo, Seguridad Social, Ejecuciones Fiscales y Penal (Criminal y Correccional).
Su Jurisdicción abarca la zona centro de la provincia, incluye 43 municipios de 8 departamentos, alcanzando un total de 13.033 km2 (43% del territorio provincial) y 479.000 habitantes, más de un tercio del total de la provincia (Censo 2022).
Esta franja del territorio está integrada por una amplia extensión de límites internacionales, ya que al Este limita con la República Federativa del Brasil (margen del Río Uruguay) y al Oeste, con la República del Paraguay (margen del Río Paraná), lo que conlleva la existencia de numerosos cruces fronterizos.
En la jurisdicción del Juzgado Federal de Oberá actúan diversas dependencias de las fuerzas federales y organismos nacionales con competencia operativa en la provincia de Misiones. Entre ellas se destacan 4 Escuadrones de la Gendarmería Nacional Argentina: el Escuadrón 9 “Oberá”, el Escuadrón 8 “Alto Uruguay”, con asiento en Concepción de la Sierra, el Escuadrón 11 “San Ignacio” y el Escuadrón 49 “San Vicente”, que intervienen habitualmente en procedimientos vinculados a la seguridad federal, el control territorial, la prevención del delito y el auxilio a la función judicial. Asimismo, la Prefectura Naval Argentina cuenta con presencia institucional en 7 puntos estratégicos de la frontera fluvial misionera: San Javier, Santa Ana, Prefectura Libertador General San Martín —con asiento en Puerto Rico—, Puerto Maní, Alba Posse/Santa Rita, Panambí y El Soberbio. En materia aduanera, la actual Agencia de Recaudación y Control Aduanero —ARCA—, a través de la Dirección General de Aduanas, registra dependencias en la provincia de Misiones, entre ellas 3 Aduanas vinculadas total o parcialmente con el ámbito territorial y funcional del Juzgado Federal de Oberá: Oberá, San Javier y Posadas.
